1 Die Molekularen Grundlagen des Lebens
1.1 Gene und Genome, Nukleotide und DNA
1.2 Der genetische Code
1.3 Die Proteinbiosynthese
1.4 Genome in Kern, Mitochondrien und Chloroplasten
1.5 Molekulare Besonderheiten
1.6 Aus der Werkzeugkiste der Molekulargenetik
1.7 Leseempfehlungen
2 Evolution, Taxonomie und Phylogenie
2.1 Evolution
2.2 Taxonomie
2.3 Phylogenetik
2.4 Molekulare Phylogenetik
2.5 Vom Alignment zum Stammbaum
2.6 Leseempfehlungen
3 Datenbanken, Molekulare Sequenzen, Programme
3.1 Die öffentlichen Datenbanken für molekulare Sequenzdaten
3.2 Suchstrategien in Datenbanken
3.3 Sequenzverwaltung und Alignments
3.4 Integrierte Programmpakete für die phylogenetische Analyse (MEGA, PAUP*, PHYLIP)
3.5 Speziellere Anwendungen in phylogenetischen Analysen
3.6 Graphische Baumdarstellungen
3.7 Anwendungen im WWW
3.8 Leseempfehlungen
4 Ein schneller Weg zum Stammbaum
4.1 Die wichtigen Software-Pakete im Vergleich
4.2 Leichter Einstieg mit MEGA
4.3 Arbeiten mit PAUP*
4.4 Leseempfehlungen
5 Parsimonieanalyse
5.1 Das Parsimonieprinzip
5.2 Gar nicht sparsam: Noch mehr über Parsimonie
5.3 Auf Baumsuche
5.4 Merkmalstypen: Dollo, Fitch und Wagner
5.5 Die Messung von Homoplasie
5.6 Size matters: Besondere Ansätze für Riesendatensätze
5.7 Erweiterte Kenntnisse in PAUP nachvollziehen
5.8 Leseempfehlungen
6 Distanzverfahren
6.1 Die Notwendigkeit von Korrekturannahmen
6.2 Die verschiedenen Typen von Substitutionen
6.3 Das Messen von genetischen Distanzen
6.4 Vergleich der Substitutionsmodelle
6.5 Bäume aus Distanzen I: Suchverfahren
6.6 Bäume aus Distanzen II: Clustering-Methoden
6.7 Geringe Distanz zur Praxis: Distanzen in PAUP
6.8 Leseempfehlungen
7 Maximum Likelihood
7.1 Wahrscheinlichkeit
7.2 Berechnung der Wahrscheinlichkeit für einen gegebenen Baum
7.3 Alte Bekannte: Substitutionsmodelle
7.4 Buchen sollst Du suchen: Welcher ist der wahrscheinlichste Baum?
7.5 ML und Batch Files in PAUP
7.6 Quartette, Puzzle, und Mensch-ärgere-dich-nicht
7.7 Leseempfehlungen
8 Bayesianische Statistik
8.1 Frisch ans Werk - die Verwendung von MrBayes
8.2 Bayesianische Statistik - wer's genauer wissen will
8.3 Leseempfehlungen
9 Evaluation von Stammbäumen und Vergleich der Methoden
9.1 Typische Probleme, Stärken und Schwächen der Methoden
9.2 Evaluation von Stammbäumen
9.3 Leseempfehlungen
10 Probleme, Grenzfälle und neuere Konzepte
10.1 Rates und Dates: Molekulare Uhren und Datierung
10.2 Relative Rate Tests
10.3 Genfamilien
10.4 Horizontaler Gentransfer
10.5 Konzertierte Evolution
10.6 Weitere methodische Ansätze
10.7 Leseempfehlungen
Literatur
Glossar
Index